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プロフィール

加藤 有己 (かとう ゆうき)  博士(工学)
大学院医学系研究科 医学専攻ゲノム生物学講座 助教

〒565-0871 大阪府吹田市山田丘2-2
大阪大学 大学院医学系研究科 医学専攻ゲノム生物学講座 神経遺伝子学教室 E33-31室
email: @rna.med.osaka-u.ac.jp
(正しいアドレスを表示させるためには上記の"y..."をクリックしてください。)

学会活動

所属学会

  • (正会員、)
  • (正会員)
  • (一般会員)

プログラム委員他

  • 副委員長(2019年4月—)
  • (Program Committee)
  • 編集委員(2019年6月—2018年5月)
  • 運営委員(2015年4月—2019年3月)
  • 編集委員(2015年4月—2019年3月)
  • (Program Committee)
  • The Tenth International Meeting on Computational Intelligence Methods for Bioinformatics and Biostatistics (CIBB2013) and the Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2013) (Program Committee)
  • (Review Editor)
  • (Program Committee)
  • (Program Committee)
  • 2009 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC2009) (Special Session on Evolutionary Computation in Bioinformatics and Computational Biology) (Program Committee)

学術賞

  1. (2012年3月)
  2. (2009年12月)
  3. (2008年12月)
  4. (2008年5月)
  5. 2006年度IPSJ Digital Courier船井若手奨励賞(2007年3月)

研究分野

バイオインフォマティクス

バイオインフォマティクス(生命情報学)は情報科学の観点から分子生物学の問題を研究する学問です。 現在、トランスクリプトーム(DNA遺伝子から転写されるRNA全体)を中心とする次世代配列情報解析に関する研究を行っています。

歴史的に、RNA(リボ核酸)は生物の細胞の中に存在し、DNAのゲノム(遺伝情報)からタンパク質の情報をコピーしている生体分子として知られていました。 そして近年、遺伝子の働きの抑制など重要な生命活動の機能を発揮するRNAが相次いで見つかり、注目を集めるようになりました。 RNAの未知の機能を解明するには、強い相関関係がある構造の解析が不可欠で、コンピューターによりRNAの塩基配列データから、その折り畳み構造を予測するアプローチは、時間とコストがかかる構造解析実験技術を補完する有力なツールと考えられています。

これまで、なるべく速く、かつ正確に構造を予測することに主眼を置き、数理的手法に基づく様々な解析法を開発してきました (例: )。 具体的に、RNAを中心とする生体分子間の複雑な相互作用現象の予測や、ゲノムDNA配列に書かれた遺伝情報を効率良く解析するアルゴリズムを開発してきました。

2010年代になって、塩基対解像度でサンプルの遺伝子発現レベルを測定できる次世代シークエンシング技術(RNA-seq)が普及し、これまでのようにRNA配列を個別に解析するのではなく、RNA全体(トランスクリプトーム)を一気に解析することが主流となりました。 そのため扱うデータ量は爆発的に増加し、人手で網羅的に解析することは困難となり、分子生物学的研究には計算機リソースを最大限活用した情報解析が必要不可欠となりました。 このような時局に鑑み、情報科学(ドライ)の立場から、次世代配列データに基づく遺伝子発現解析と構造解析のための高性能アルゴリズムを開発し、生命医科学に貢献することを目指しています。 特に、医学系研究科に所属している強みを生かし、ウェット研究者と密に連携して、ヒトやマウス等から得られた実際のデータを用いて開発アルゴリズムの検証を行い、新たな知見を得ることを目標としています。 (教室のWebページにも解説しています。)

詳細なテーマ

最近の発表論文

加藤が責任著者として最近発表した雑誌論文を挙げています。 より詳しい研究業績は こちら をご覧下さい。

  1. Yuki Kato*, Jan Gorodkin and Jakob Hull Havgaard*,
    Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots,
    BMC Genomics, vol. 18, 935, Dec. 2017 (*: corresponding author).
  2. Yuki Kato*, Tomoya Mori, Kengo Sato, Shingo Maegawa*, Hiroshi Hosokawa and Tatsuya Akutsu,
    An accessibility-incorporated method for accurate prediction of RNA-RNA interactions from sequence data,
    Bioinformatics, vol. 33, no. 2, pp. 202-209, Jan. 2017 (*: corresponding author).

競争的研究資金

研究代表者として受けてきた助成金を挙げています。 (他、研究分担者として科研費基盤B1件、科研費挑戦的萌芽2件)

  1. 科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金)(基盤研究(C)), 研究代表者, 種間で保存されたRNAグアニン4重鎖構造のゲノムワイド解析法の確立, #18K11526, 2018年4月—2021年3月.
  2. 科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金)(基盤研究(C)), 研究代表者, 構造情報の粗視化による高速ゲノムワイドRNA遺伝子発見, #15K00401, 2015年4月—2018年3月.
  3. 科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金)(若手研究(B)), 研究代表者, 高次構造を考慮した高速RNA間相互作用予測, #24700296, 2012年4月—2015年3月.
  4. 科学研究費補助金(若手研究(B)), 研究代表者, ハイブリッド型最適化によるRNA間相互作用予測, #22700313, 2010年4月—2012年3月.
  5. 科学研究費補助金(若手研究(スタートアップ)), 研究代表者, 形式文法に基づくRNAタンパク質相互作用予測, #20800023, 2008年4月—2010年3月.
  6. 科学研究費補助金(特別研究員奨励費), 研究代表者, 生物配列の高次構造記述向き形式文法とその構造予測への応用, #172830, 2005年4月—2008年3月.

ソフトウェア

バイオインフォマティクス、ケモインフォマティクスの研究で開発したWebサーバーやプログラムを公開しています。 Webサーバーはインターネット接続環境があればプログラムより簡単に動かすことができます。 商用目的以外であれば自由に利用可能ですので、ご興味のある方はぜひお試しください。


Webサーバー

  • : RNAバイオインフォマティクス解析のための統合Webサーバー
  • : 整数計画法に基づく超高速RNA構造予測サーバー(2014-03-10更新)
    • : シュードノットを考慮したRNA2次構造予測
    • : RNA間相互作用予測
  • : パス頻度に基づく化学構造列挙サーバー(2010-05-27更新)

プログラム

  • : ビット列のソートに基づく高精度省メモリゲノム構造変異解析(2019-06-23更新)
  • : ゲノムワイドRNA構造類似度比較(2017-11-16公開)
  • : 整数計画法とアクセシビリティ計算によるRNA間相互作用予測(2019-09-18公開)
  • : 隠れマルコフモデルによるG4重鎖モチーフ発見(2014-08-22更新)
  • : 整数計画法によるRNA間相互作用予測(2013-07-10更新)
  • : 整数計画法に基づくRNAシュードノット2次構造予測(2012-04-05更新)
  • : RNA構造アラインメント(2012-01-19公開)

授業

担当する授業情報です。

リンク

大学

    • 離散数理研究室(旧工学部電気系応用数学研究室) (2001年4月—2003年3月 在籍)
    • 情報科学専攻 計算メカニズム学研究室(旧情報基礎学講座) (2003年4月—2007年3月, 2010年10月—2014年3月 在籍)
    • 情報科学専攻 (2014年4月 在籍)
    • (旧生物情報ネットワーク領域) (2007年4月—2010年9月 在籍)
    • 増殖分化機構研究部門 理論細胞解析分野 (2014年5月—2019年3月 在籍)
    • (2012年9月—2013年3月 在籍)

研究支援

国内学会

国際会議

  • , Prague, Czech Republic, July 21-25, 2017
  • , Kyoto, Japan, June 28-July 2, 2019
  • , Tokyo, Japan, September 9-11, 2015
  • , Benasque, Spain, July 19-31, 2015
  • , HsinChu, Taiwan, January 21-23, 2015
  • , Tokyo, Japan, December 15-17, 2014
  • , Sydney, Australia, July 31-August 2, 2014
  • , Doubice, Czech Republic, October 2-7, 2012
  • , Vienna, Austria, July 15-19, 2011
  • , Orlando, Florida, USA, February 3-5, 2011
  • , Ghent, Belgium, September 26-29, 2010
  • , The Big Island of Hawaii, January 4-8, 2010
  • , Tuusula, Finland, June 17-18, 2006

バイオインフォマティクスデータベース・ソフトウェア


Wachstums Hormone

Gewichts Verlust